2. Қаратау қауы. Өңірлік паркте шамалы молшылықта ғана кездеседі. Популяциясының саны жоғары емес. Табиғи себептерге және өткен ғасырдың 70-80 жылдары жайлымдық жүктеменің күшті болуының нәтижесінде сирек кездеседі.

3. Кәдімгі семсершөп – Cladium mariscus – меч-трава обыкновенная. Көне таралу учаскелері бөлектенген жерорталық түрге жатады. Қазақстанда Орталық Қаратаудың Бозтургай учаскесінде ғана белгілі.

4. Корольков шаяноты– тау- ортаазиялық түр, Қазақстанда Батыс Тянь – Шань мен Қаратауда кездеседі. Өңірлік паркте оның таралу аймағының солтүстік шекарасы өтеді. Көкбұлақ және Боралдай учаскелерінде әр жерден сирек кездеседі. Саны көп емес.

5. Леман күшаласы. Өңірлік паркте таралу аймағы мен ареалы алдынғы түрмен ұқсас. Сиректеу тек Көкбұлақ пен Боралдайдың аласа тауларында кездеседі

6. Грейг қызғалдағы. Бағалы сәндік өсімдік. Қызғалдақтың бірнеше жүздеген мәдени сорттарының жабайы туысы. Өңірлік парктің барлық жерлерінде кездеседі. Боралдай өзенінің аңғарында гүлінің реңі ерекше өзгергіштігімен ерекшеленетін ең бағалы алқаптары шоғырланған. Басқа өте сәндік түрлер сияқты популяция санының жағдайына бақылауды қажет етеді. 

7. Кауфман қызғалдағы. Өңірлік парктің барлық аумағында кездеседі. Бұл түрдің ең тығыз кездесетін жерлері – Көкбұлақ өзенінің (900м) аңғарындағы оңтүстік – батыс беткейлері мен Қошқарата өзенінің солтүстік жағалауындағы аймақта әулие палеонтологиялық учаскесінде – тиісінше 19,8 және 29,4 дана бір шаршы метрде. Барлық сипатталған популяцияда жас дарақтарының біршама үлесімен, барлық жастарының спектрі қамтылған. Демек олардың жағдайы қолайлы. Бұл түр малдың жайылуына шыдамды, өйткені қарқынды вегетативтік жолмен көбеюімен ерекшеленеді.

8. Сүйсін шиқылдақ. Өңірлік парктің Боралдай филиалында кездеседі. Популяцияда саны орташа, тұқыммен ұрықтануы қалыпты. Басқа сәндік өсімдіктер сияқты тұрғындардың шоқ (букет) дайындауынан зардеп шегуі мүмкін.

9. Сүйсін шиқылдақ. Алдыңғы түрге қарағанда біршама сирек. Көкбұлақ өзенінің аңғарында шашыраңқы түрде әр жерде кездеседі.

10. Колпаковский иридодиктиумы. Таралу аймағы мен саны қысқарып бара жатқан түрге жатады. Көптеген анықтамалықтарда Қаратау үшін бұл түр көрсетілмеген. Өте сәнді ерте гүлдейді. Эфемерлік өсімдікке жатады. Бұрынғы жылдары жүргізілген зерттеулерде екі нүктеде табылған: 1)Көкбұлақ өзенінің орта ағысында, орманшының кордонынан 500метр қашықтықта. Теңіз деңгейінен биіктігі 850-900м. Қошқар ата өзенінің оң жақ жағалауындағы жазықта, теңіз деңгейіне биіктігі 970м. Шамалы молшылықта ғана кездеседі (UN-SOL)

11. Корольков бәйшешегі. Барлық флористикалық жиынтықтарда Қаратау үшін кездесетін түр ретінде келтірілген. Санкт- Петербург қаласындағы Н.И. Корольковтың гербарий жинақтарында “Боролдай таулары” деген этикеткамен болуы жалғыз құжаттық растау болып отыр. Қосымша зерттеу жұмыстарын жүргізу қажет. Бұл өсімдікті Н.И Корольковтен кейін басқа ешкім тапқан емес.

12. Алатау бәйшешегі. Боролдай филиалының барлық аумағында кездеседі. Әдетте жеткілікті кездесетін түрге жатады.

13. Кавказ таудағаны. Көкбұлақ, Боролдай және Қошқарата өзендерінің аңғарларында жекелеген ағаштар мен шағын тоғайлар ретінде кездеседі. Бұл түр кесілуден және өрттерден қартайып келеді, бірақ кей уақытта өртенген ағаштардың түптерінен тамырлық өсімдіктердің өсуі байқалады. Бірақ таудағының ең біртума және сирек қоғамдастықтары арша, пісте, сары долана ағаштарының қатысуымен Бозтұрғай өзенінің аңғарында байқалады.

14. Северцов унгерниясы (әсиясы). Көкбұлақ өзенінің аңғары мен Боролдай өзенінің солтүстік жағалауында жекелеген өсімдіктер немесе үлкен елес топтар болып кездеседі. Сирек болуының себебі- табиғи, яғни бұл түрдің өзінің таралу аймағының солтүстік шекарасында болғандығын көрсетеді.

15. Минквиц кендіршесі. Қиын қатер төнген санатқа жатқызылған өте сирек көне түрге жатады. Кеибір ғалымдардың айтуы бойынша ол жойылып кеткен, өйткені соңғы терілуі 1939жылы деп көрсетілген. Көкбұлақ өзенінің аңғарында бұл түрдің жалғыз популяциясы табылған. Ауданы 0,5 және0,1га популяцияың екі оқшаулаға бөлінген учаскелерінде 190 көбінесе генеративтік дарақтар есепке алынған. Сонғы жылдары бұл түрдің тұрақтануы байқалады. Өткен ғасырдың 30 жылдары байқалған өскен орталарынан (Машат таулары, Састөбенің поселкісінің айаласынан шошқабұлақ шатқалынан) бұл түр туралы мәліметтер жоқ

17. Түркістан жерсабыны (ақ қанбақ түсті бозтікен). Сиреп бара жатқан түр, бұрынғы он жылдықтарда тамырын көп дайындаудан популяциялы бұзылған. Барлық жерде шашыраңқы сирек тығыздығы 10 шаршы метрге 0,2 ден 4 данаға дейін популяциялары кездеседі. Ең тығыз, ауданы бойынша аз кездесетін популяциялық  Глинково мен Боролдай ауылдарының арасында Бөген өзенінің солтүстік жағалауындағы жазықта байқалады. Популяциясының жағдайы қолайсыз, өйткені түрдің ұрықтану қарқыны  төмен. Жас дарақтарының үлесі 1-5 пайыздан аспайды

18. Қаратау бочанцевиясы миоцен дәуірінің ескі көнесі (реликті), бұрын 3-4 нүктеде белгілі болған монотипті энедемикалық Қаратау туысының өкілі. Бірақ, бұл түр Орталық Қаратауда кездеспейді. Сондықтан Н.К Жапарованың ол Қаратау қорығында қорғалады деген мақұлымдауы дұрыс емес. Бұрынғы жылдары бірнеше рет бочанцевия Қошқарата өзеінің аңғарындағы оңтүстік беткейде, Қарабастау шатқалы аумағында және Боролдай өзенінің (27.10.1991ж, 05.1993ж) байқалады. Соңғы көрсетілген  өсетін орындарда өсімдіктер өсіп жатқан үлгілер мен құздардың төменгі бөліктерінде 10 шаршы метрде 7-10 дана тығыздықта мол түрінде кездеседі. Бочанцевия 2002 жылы зерттеу кезінде Боролдай өзенінің солтүстік батыс беткейлеріндегі үгілмеде жекелеген дарақтары тіркелген болатын

19. Шымыр строгановиясы. Қаратаудың тар аймақта ғана кездесетін неоэндемигі, жойылып бара жатқан санатқа жатады, құлан өзенінің алабында ғана белгілі болған. Немесе қиын қатерге ілінген түрлерге жатады. Бұл түрдің ареалы кең. Р.В. Камелин оны кіші Қаратаудан жинаған Қаратау каласының жанынын тасты жазықтықтан  гербарииі жиналған. Санкт- Петербургта сақталған. Боролдай тауыда (Балдыбұлақ шатқалында) солтүстік- шығыс беткейдің құзды жотасында бірнеше ондаған вегетативтік дарақтары екі микропопуляцияда табылған

20. Ярутикалы қалқанша. Ерте көктемде даму сатысы бар кішкентай ғана бір жылдық өсімдік, Қазақстан шегінде таралуы туралы соңғы уақытқа дейін зерттелмеген. Тексерілген аумақтар құздардың жарықтырында және Боролдай өзенінің анғарындағы Тутабұлақ өзенінің сол жағалауындағы биік құздардың террасаларында азғантай популяциясы кездеседі. А.А Иващенко 1992жылы 11.05 гербарииін жинаған

21. Северцов жалған шолмасақ. Оның Қаратауда таралуы жақсы зерттелген. Өңірлік саябақтың Көкбұлақ, Боролдай, Қошқарата өзендерінің аңғарларында, сол сияқты Бөкейтаудың төбесінде кездеседі. Ауданы 10 шаршы метрге дейін, бірақ тығыздығы кейде өте жоғары 100-180 сабақ бір шаршы метрге кішкентай оқшауланған топтар ретінде кездеседі.

22. Сиверс алмасы. Өңірлік парктің барлық аумағында қолайлы өсетін орындарда, негізінен өзен аңғарларында басқа ағаш тұқымдастарымен аралас кездеседі

23. Парсы шетені. Көкбұлақ өзенінің аңғарында және Бөкейтаудың төбесінде (1800метр теңіз деңгейінен) шағын тоғайлар болып кездеседі (5-10дарақтары)

24. Қаратау ырғайы – эндемикалық Қаратау бұтасы, Көкбұлақ өзенінің аңғарында жекелеген дарақтарымен кездеседі

25. Тянь-Шань қазтабаны. Қаратауда бұрын белгілі болмаған, Батыс-Тянь-Шаньда, Памир- Алайда шектелген ареалдағы түр. Бірінші рет 1991жылы 21 қазанда Тұтабұлақ өзенінің аңғарларындағы құздарда, Боролдай өзенінің саласының солтүстік жағалауында табылған. Кейінгі жылдары Боролдай өзенінің орта ағысындағы құздарында шағын популяциясы тіркелген. Барлық жерде саны аздау, шашыраңқы  түрде кездеседі. Популяциясының құрамында барлық жастағы дарақтары бар, бірақ генеративтік дарақтары басымдау (80%). Бұл аңғарлардағы түрдің жалпы саны бірнеше жүз данадан аспайды. (Иващенко,2003).

26. Шренк тобылғы түсі- монотипті эндемикалық туыстың өкілі, ареалы Бетпақдала мен Қаратауда үзілген палеогендік реликті (көне), бұл жерлерде 55 мекендері белгілі, Қошқарата мен Боролдай аңғарларында әртүрлі көлемдегі популяциясы тіркелген

27. Нағыз пісте. Саны қысқарып бара жатқан түр, табиғи тарихи себептерге байланысты сирек, өйткені Боролдайтау тауы ол үшін ареалының солтүстік шекарасы болып табылады. Жанаспаған сирек ормандар түрінде понти (сары) доланамен бірге кездеседі. Ұшарасының жанасуы 0,4 тен артпайды. В.И Тереховтың мәліметі бойынша Боролдай шатқалында орман алқаптарының тығыздығы 1 гектарға 124-275 данаға жетеді, ал Көкбұлақ өзенінің аңғарында пісте- долананың сирек ормандарының көлемі 3100га құрайды, тығыздығы 375дана 1гектарға. (Жанғалиев 2001ж) Жеміс салу біркелкі емес, тұқыммен ұрпақтануы әлсіз, өйткені жергілікті тұрғындар жемісін жинайды. Кейбір жылдары әсіресе Боролдай өзенінің аңғарында пісте қалын жеміс салады. Бұл жерде қиын баратын шатқалдарда Тұтабұлақ. Жылғаның арасының жоғары жағында құздардың қорғауында биіктігі 4метрге дейін діңінің диаметрі 40см-ге мықты ескі ағаштар кездеседі

28. Парсы (соғды) шағаны. Өзеннің гидрологиялық режимінің бұзылуынан саны қысқарып бара жатқан реликті түр. Боролдай, Көкбұлақ және Қошқарата өзендерінің бойындағы аралас тоғай ормандарының құрамында байқалған. В.И Тереховтың деректері бойынша қазіргі Боролдай филиалының аумағында түрдің тығыздығы 1 гектарға 133-200 дана боған. Бұрынғы жылдары (1980-1982ж) Қошқарата өзендерінің (Ақ сүнгі, орта сүнгі) оң жағалауындағы салаларының аңғарларында шағанның жергілікті тұрғындардың сөздері бойынша одан жекелеген ағаштар сақталған

29.Қоқан салпысы. Батыс Тянь-Шаньдағы, Қаратаудағы және Памир-Алтайда үзілген ареалымен сирек реликтілік түр Көкбұлақ өзенінің оң жағалауы мен Белдібұлақ шатқалында екі үлкен емес популяциясы табылған соңғысы тығыздығы жоғары (5-6 дана 1шаршы метрге) тұқым мен ұрықтануы жақсы ең саны көп. 300-500 дарақтан аз емес. Өскіннің үлесі 30 пайызға дейін құрайды.Популяциясы тік беткейдің шығыс экспозициясында (1757м ТДБ) орналасқан

Тұтабұлақ саласынан ең жоғарысына дейін созылып жатыр

31. Қаратау жалған бозкілемі. Қаратаудың эндемигі, Боролай филиалында әр жерде кездеседі, Боролдай өзенінің аңғарында және Бөкейтау жотасында (1700-1800м ТДБ) шағын оқшауланған популяциялары бар

32. Ақжолақ сасыр. Боролдай өзенінің солтүстік (925м ТДБ) беткейлерде шағын популяцияларымен кездеседі. Популяциясының саны көп емес, түрдің тығыздығы 10 шаршы метрге орташа есеппен құрайды. Тұқыммен ұрпақтануы жақсы, вегетативтік дарақтарының үлесі 60-80% құрайды

33.  Қаратау томағашөбі. Тек Берқара шатқалында белгілі таркөлемді эндемик. Оңтүстік беткейдің ұсақ қиыршық тілімше үгінділерінде шатқалдың орта бөлігінде кездеседі. Батыс экспозицияда кіші беткейлердің тақта үгіндісінде Саясу – мен Босторғай шатқалдарында бірлі жарым дарақтары табылған. Бұл түр өте аз, ары қарай зерттеуді қажет етеді

34. Түбірлі томағашөбі. Шашыраңқы түрде кездесетін Қаратау эндемигі, Боролдай филиалының қиыршақ тасты беткейлерінде саны көп популяциялары бар

35. Дарабас криптоқодон (жасырын қоңыраугүл). Қаратау мен Памир-Алайда үзілген ареалымен монотиптік туыстың сирек, қиын-қыстау қатердегі өкілі. Бөкейтау асуындағы (1800м ТДБ) қиыршықтасты қыраттағы 25-30 шаршы метр екі үлкен емес учаскеде тұратын жалғыз өсімдік популяциясы  табылған. Жалпы саны шамамен 30 дарақтар (60 өркендері). Көрсетілген қоғамдастықа басқа эндемик және сирек түрлері бар. Мүмкін томағашөп жотаның басқа нүктелерінде сақталған шығар. Санкт-Петербургте үлкен шаян мен жуантөбе шатқалынан жиналған гербарийлер бар

36. Түркістан гүлкекіресі. Өте сирек кездеседі, көкбұлақ өзенінің аңғарында ғана азғантай молшылықта. Солтүстік шекарасына қарай учаскесінде жақын түр сағақты гүлкекіресі орын басады 37 үлкен жапырақ көбенқұйрығы. Минценплиоцен дәуірлерінің реликті. Машат-Дәубаба және Боролдай тауларының эндемигі. Осы туыстың монотиптік секциясының өкілі ретінде үлкен ғылыми маңызы бар. Көкбұлақ өзенінің (ТДБ 1255м)  аңғары мен Боролдай өзенінің аңғарындағы қиыршық тасты және тасты беткейлерде үлкен емес популяциялары (50-100дарақ) байқалады

37. Үлкен жапырақ көбенқұйрық. Машат Дәубаба және Боралдай тауларының эндемигі, миоцен – пиоцен дәуірінің реликтісі. Көбенқұйрық туысының монотиптік секциясының өкілі ретінде үлкен ғылыми маңызы бар. Көкбұлақ өзенінің аңғарында және Боралдай өзенінің қиыршықтасты үлкен емес популяциялары (50-100 дарақ шамасында) байқалады.

38.Қаратау рапонтикумы. Қаратаудың сирек эндемигі, Қаратау табиғи қорығында көптен кездеседі. Боролдай филиалында Боролдай өзенінің аңғарының орта бөлігінде 160 шаршы метр көлемді алатын саны 120 дарақ популяциясы табылған. Бірақ бұл популяциясы Боролдайда жалғыз болмауы мүмкін, бірақ өте сирек түрге жатады

39. Қаратау депидолофасы. Нақтыланған деректер Боролдай тауының тар аймақтағы эндемигі. Жекелеген жарақтары және саны 160-200 данаға дейін 1500-2000 шаршы метр үлкен емес қопалары кездеседі. Ең тығыз популяциялары Көкбұлақ өзенінің аңғарындағы солтүстік беткейлері мен Қошқарата өзенінің оң жағалауындағы жоғарғы жатық бөлігінде байқалған. Белдібұлақ шатқалында (ТДБ 1276м) шамалы молшылықта кездеседі. Өрттер мен мал жоюдан (ТДБ 1276м) зардап шегеді. Үлкен ғылыми маңызы бар реликті (көне) түр ретінде ерекше қорғауды қажет етеді

40. Тау сағыз –реликті түр, ұлы отан соғыс жылдары табиғи каучуктың шикізат көзі ретінде жаппай дайындайдан саны азайып кетті. Боролдай филиалында сирек кездеседі. Боролдай өзенінің (ТДБ 900-1000м) оң жағалауындағы қиыршық тасты жоталардың бойында үлкен емес оқшауланған популяциялары бар (жүзге жетпейтін дарақтарымен). Боролдай филиалында басқа сирек кездесетін өте бағалы және қызық екі түрді атап өтуге болады

Populus pruinosa

Қоғалы шөпті батпақ – Рогозовое травяное болото (Typha angustifolia)

Теңгебасты түйнекөлеңді батпақты шалғын – Сусаково-клубнекамышевый болотистый луг (Bolboschoenus maritimus, Butomus umbellatus)

Көпгүлді жыңғыл – Гребенщик многоцветковый - Tamarix ramosissima Ledeb.

Түктібұталық тікенбұты –

Дерезаволосистотычинковая – Lycium dasystemum Pojark

Белянжер қарабарағы (төбе сараң)

Тораңғыл – Тополь сизолистный - PopuluspruinosaSchrenk

Үшкіржемісті жиде – Лох остроплодный - Elaeagnus oxycarpa Schlecht.

Шілік – Ива розмаринолистная - Salix rosmarinifolia L.

Сібір цинанхумы – Цинанхум сибирский - Cynanchum sibiricum Willd

Арамшөп калестегиясы – Повойзаборный - Calystegia sepium (L.) R.Br.

Қияқты әртүрлі – қияқты шөпті қабатпен, кейуақытта бұталардың қатысуымен тораңғы ормандары

Төменгі қабатты қоға қоғамдастығымен, ұзақ уақыт бойы су басқан тораңғы тоғайлары